방사청은 2017년까지 300여명의 방사청 소속 현역 군인을 대폭 감축하고 민간출신 공무원의 비중을 70%까지 늘리는 계획을 추진 중인 것으로 알려지고 있다. 현재 방위사업청 인원은 총 1,600여명이며, 현역 군인과 민간 공무원의 비율은 5대5 이다.

방사청의 이와 같은 인력구조 개편 움직임은 '방산비리 근절'의 대책으로 추진되고 있으나, 단순한 인력구조 개편은 업무의 전문성이 떨어지게 되므로 오히려 공무원들이 업체들에 휘둘릴 수 있어 예산낭비 및 사업지연 등의 폐단이 발생할 수 있다고 전문가들은 우려의 목소리를 나타내고 있다.

실제로 최근에 있었던 육군의 대형공격헬기 사업, 공군의 KFX 사업 등의 경우는 방사청이 해외 업체들을 치열하게 경쟁을 붙이는 방식으로 비용은 낮추면서 해외업체들로부터 최대한 많은 옵션사항들을 얻어낸 것으로 알려지고 있다. 

따라서 같은 기종을 도입하기로 결정한 다른 나라들은 방사청의 협상능력에 찬사를 보내고 있으며, 해당업체들은 한국과의 계약체결을 곤혹스러워 하고 있는 것으로 알려지고 있다. 방위사업 부실화의 주범으로 내몰린 방위사업청이 조직개편을 통해 '환골탈태' 할 수 있을지 향후 귀추가 주목된다.